Nemuno deltos regioninio parko teritorija pagal hidrografinį rajonavimą priklauso Baltijos pajūrio sričiai. Parko vidaus vandenis sudaro Kuršių marių akvatorijos rytinis pakraštys su Kniaupo įlanka ir tankus sausumos vandenų hidrografinis tinklas – Nemuno deltinis upynas, žiotinės protakos, lagūninis (Krokų Lankos) ir senvaginiai ežerai (žiogiai), polderiniai kanalai, žuvininkystės tvenkiniai, deltinių aukštapelkių ir žemapelkių kompleksai bei negilūs gruntiniai vandenys.
Nemuno deltos regioninio parko teritorija beveik visa (išskyrus Ventės rago nuošlaitę) priklauso Nemuno baseinui. Pagrindinės upyno arterijos – Nemuno upės (tiksliau Rusnės – Skirvytės – Tiesiosios) farvateris (apie 35 km ilgio) sutampa su pietine regioninio parko riba. Šiaurinė parko riba taip pat susijusi su upėmis: Minijos žemupiu bei kairiuoju Minijos intaku Teneniu. Pietryčiausiame parko teritorijos pakraštyje tarp Šilininkų ir Galzdonų salos įsiterpia dešiniojo Nemuno intako Veržės (Veižo) upės žiotys.
Per Nemuno deltos regioninio parko teritoriją teka Leitė, Voryčia (Rusnės dešinieji intakai); Šyša, Minija (Atmatos dešinieji intakai), Minijos žiotinė atšaka Upaitė (įtekanti į Kniaupo įlanką), Aukštumala (Atmatos protaka į Krokų Lankos ežerą), Pamatukas, Kampė, Kurpinė (Krokų Lankos mažieji intakai), Purvalankis (ežero protaka į Minijos upę), kanalizuotas kairysis Šyšos intakas Rupkalvė.
Pagrindinė Nemuno upės deltinė šaka – Rusnė prie to paties pavadinimo miestelio skaidosi į dvi žiotines atšakas: Atmatą (13 km ilgio) ir Skirvytę (9 km ilgio), nuo pastarosios už kelių šimtų metrų atsišakoja Pakalnės upė (9 km ilgio). Skirvytė dešiniajame krante, Rusnės saloje, palikdama savo senvagę (senąją Skirvytę) prieš savo žiotis suskyla į dvi atšakas: Tiesiąją ir Vytinę. Tiesioji (pietinė atšaka), skirianti Briedžių salą nuo Kaliningrado srities pamario, sutampa su parko riba, o Vytinė dar dalijasi į visą eilę smulkesnių protakų, juosiančių Skirvytės suneštus deltinius gruzdus.
Pakalnė savo ruožtu suskyla į dvi protakas – Rusnaitę ir Vorusnę (Skatulę). Be to, Rusnės saloje yra dvi savarankiškos upelių sistemos, deltinių sąnašų atskirtos nuo pagrindinių tėkmių. Tai Naikupės upelis, neturintis intakų, tiesiai įtekantis į Kuršių marias, ir Ulmo upelis, Atmatos kairysis intakas, turintis tankų sureguliuotų upelių, kanalų tinklą.
Pagrindinių Nemuno atšakų, tekančių parko teritorija arba jos ribomis, vandens debitas pasiskirsto taip: vidutiniškai per metus 23% Rusnės vandens nuteka Atmata, o 77% – Skirvyte. Per pavasario potvynį Atmata nuteka 35%, Skirvyte – 62%, o Pakalne – 3% vandens. Panašiai pasiskirsto ir upių nešmenys, kai per pavasario potvynį deltoje kasmet nusėda 5–20 t/ha aliuvinių sąnašų.
Ledo dangos susidarymas Nemune ir jo intakuose, išskyrus Miniją, prasideda gruodžio 19–23 d. Pavasario ledonešio pradžia – kovo 16–20 d.
Nemuno deltos regioninio parko ežerai užima 909,1 ha plotą. Pagal savo kilmę šie ežerai skirstomi į 3 grupes: lagūninius, senvaginius (žiogius) ir aukštapelkinius. Pirmiesiems priskiriama Krokų Lanka, tyvuliuojanti 787 ha plote. Tai pats didžiausias regioninio parko ežeras: jo ilgis – 4,1 km, didžiausias plotis – 3,3 km, didžiausias gylis – 2,5 m. Ežero krantai žemi, smėlėti, šiaurinėje dalyje užpelkėję. Krokų lankos atabradas beveik ištisai apaugęs meldų, nendrių, švendrų juosta.
Upinės kilmės (senvaginai) ežerai parko teritorijoje koncentruojasi Rusnės saloje (jaunojoje deltoje) ir Paleičių–Girininkų–Šilininkų apylinkių salpinėse pievose. Bendras žiogių plotas – 92,6 ha. Didesnieji ežerai: Didysis žiogis (14,6 ha), Dumblis (10,9 ha), Kalnupžiogis (4,4 ha).
Savitą grupę sudaro Aukštumalos aukštapelkiniai ežerokšniai, dauguma kurių susitelkę išgaubtame pelkės viduryje ir nepažeistoje rytinėje dalyje (bendras jų plotas apie 16 ha).
Nemuno delta – vienintelė teritorija Lietuvoje, kur ne gruntinis vanduo maitina upes, o atvirkščiai – upių vanduo filtruodamasis per krantus papildo gruntinį vandenį.
Žemėlapiai
